故事背景在劇場版《蒼穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于與來主操的邂逅，龍宮島獲得了與Mir對話的手段，這也給島帶來了可能性。阿爾維斯的孩子們一邊進行戰斗的準備，一邊摸索著理解敵人的方法。2年后的現在，龍宮島獲得了更進一步的進化，理解Festum語言的少女與被Festum所守護的少女，當兩人相遇之時，新世界的門將打開……