變種人的領袖X教授主張對人要寬容，萬磁王相信適者生存的理論兩人的想法南轅北轍，將整個變種人的世界推進到最緊的狀態，戰爭已經一觸即發。經過幾番周折和驚心動魄的戰爭之后，最終金剛狼還是將“鳳凰女”忍痛殺掉，以結束災難。但是，面對大惡人“萬磁王”的陰謀和“鳳凰女”可怕的超級力量，新老X戰警們還是吃盡了不少的苦頭。