某日，小新（矢島晶子 配音）、小葵和美伢（楢橋美紀 配音）被一群神秘人物綁架，醒來之后發現身處一間神秘的基地之內，原來，這里是名為“溫泉G組”的秘密組織，意在保護對于日本來說十分珍貴的溫泉。然而，橫空出世的污垢達人博士（家弓家正 配音）企圖利用“地球溫泉計劃”將溫泉G組徹底擊垮。　　唯一能夠阻止污垢達人博士的陰謀的，就只有僅存在于傳說之中的“黃金之魂溫泉”，而組員們經過調查，發現該溫泉正好處于小新他們家地下。小新一家人決定幫助溫泉G組的同胞們找到黃金之魂溫泉，卻遭到了污垢達人博士的襲擊，并且最終淪為俘虜遭受了酷刑。