犬夜叉劇場版超越時空的思念全集動畫故事講述了在很久以前(大約在犬夜叉被封印之前的200年前)，中國大陸妖怪(忽必烈汗)的飛妖蛾率領妖怪軍團攻打日本，當時由支配西國妖怪的犬夜叉的父親迎戰，經過一倫激戰，犬夜叉父親成功擊退了他們，同時用自己的牙將飛妖蛾他們封印；但是當戈薇回到過去將犬夜叉之封印解除及不小心用箭將“四魂之玉”弄碎并且碎片分散至四方，其中有一塊碎片飛至飛妖蛾的妖怪被封印的地方，令飛妖蛾兒子瑪瑙丸蘇醒并繼承父親的妖力，于是他便找犬夜叉報仇。目的不是奪取“四魂之玉”，而是要狙擊持有鐵碎牙的犬夜叉(相信是瑪瑙丸為報復犬夜叉父親用他的牙封印飛妖蛾一事)。 當犬夜叉及戈薇等人像平時在尋找“四魂之玉”碎片的旅途中時，途中受到襲擊，經常陪伴珊瑚的云母被玻璃控制；為救珊瑚而使出風穴的彌勒，竟然被琉璃復制“風穴”的能力，珊瑚和彌勒還差點被琉璃的風穴吸進去，幸好楓婆婆及時出現并要箭趕走她們…… 另外瑪瑙丸卻親自找犬夜叉挑戰，而且瑪瑙丸手持的劍居然能令鐵碎牙回復原狀，犬夜叉經過幾次打斗后竟然不敵被打倒，而瑪瑙丸正想拾起鐵碎牙時，卻被它的結界所傷，于是便帶走戈薇…… 戈薇被帶至他們的巢穴，她更被玻璃用頭上的玉與四魂之玉結合成一塊紅玉放在她的額頭上。戈薇清醒后初時沒有什么問題，直至犬夜叉救了她后，與及瑪瑙丸取得新的力量后，戈薇整個身體被瑪瑙丸控制，沒有知覺的她竟然出手攻擊犬夜叉與及用箭射他(重復桔梗用箭射犬夜叉封印在御神木上的歷史！)后來戈薇回復知覺時才知道自己所做的一切，此時桔梗突然出現并責備戈薇，更將她推落食骨井令她永遠不要見犬夜叉！ 到底犬夜叉會否真的被封印？戈薇能否回到古代？珊瑚與彌勒怎樣去應付琉璃與玻璃呢？蘇醒了犬夜叉能否打敗新力量的瑪瑙丸呢？